Tokugawa Iemitsu sinh khoảng năm 1604, ngày tháng năm sinh chính xác của ông chưa được xác định rõ. Ông là con trai trưởng của Tokugawa Hidetada và là cháu của Tokugawa Ieyasu, Tướng quân đầu tiên của họ Tokugawa và cũng là người có công thống nhất đất nước. Vào thời điểm ông ra đời, Tokugawa Ieyasu đã lên làm "Chinh di Đại tướng quân".

Không có nhiều thông tin về tuổi trẻ của Iemitsu; tên thời bé của ông là Takechiyo (竹千代). Ông có hai người chị là Senhime và Masako, và một người em về sau trở thành đối thủ là Tadanaga. Tadanaga là người con yêu quý nhất của vợ chồng Hidetada. Tuy nhiên, Ieyasu đã chỉ định Iemitsu làm Tướng quân kế vị Hidetada.